2014年7月，香港中文大学联合书院、台湾清华大学厚德书院、台湾政治大学政大书院、复旦大学任重书院、西安交通大学文治书院、华东师范大学孟宪承书院及北京航空航天大学知行书院代表在京共同发起成立了“高校书院联盟”，秘书处设于北京航空航天大学知行书院。2015年7月，澳门大学郑裕彤书院正式加入，至此，高校书院联盟共有8个常任理事单位。
 

2017年3月，依据《高校书院联盟章程》规定，经过资格初审、联盟理事单位集体表决等程序，共确定汕头大学至诚书院、大连理工大学伯川书院、西南交通大学唐臣书院、南方科技大学树仁书院、亚洲大学三品书院（排名不分先后）等5家书院正式成为高校书院联盟成员，享有联盟成员的权利，并履行联盟成员的义务。

“高校书院联盟”是旨在实现交流合作、资源共享、优势互补、整体提升目的而自愿组成的非营利性组织。联盟成员将积极参与交流，共同探索书院制教育模式改革与发展规律，不断满足学生成长成才的需求，提升各联盟成员的书院办学水平、人才培养质量与社会声誉，为培养人格健全、全面发展的创新型人才做出贡献，在世界高等教育舞台上传播中国大学书院制教育的好声音。

高校书院联盟每年举办一次现代书院制教育论坛，西安交通大学为本届高校书院联盟理事长单位，并于2017年7月20日至23日承办第四届海峡两岸暨港澳地区高校现代书院制教育论坛。